Đối với khoản tiền phạt do lực lượng Trung ương không có trụ sở tại địa phương để hoạt động ổn định trên địa bàn ra quyết định xử phạt: Cơ quan chủ trì tiến hành điều tra, kiểm tra, thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường được sử dụng 70 % tổng số tiền thu phạt vi phạm hành chính nộp vào tài khoản tạm giữ để chi cho công tác kiểm tra, giám sát, thanh tra, xử lý vi phạm hành chính, công khai thông tin về tình hình ô nhiễm và vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường. Số tiền còn lại nộp vào ngân sách Trung ương. Trên cơ sở đề nghị của Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam về nhu cầu vốn hoạt động và khả năng cân đối của ngân sách nhà nước, Bộ Tài chính xem xét trình các cấp có thẩm quyền cấp bổ sung vốn hoạt động cho Quỹ bảo vệ môi trường Việt Nam.

Đối với khoản tiền phạt do lực lượng địa phương ra quyết định xử phạt (bao gồm cả lực lượng trung ương nhưng có trụ sở tại địa phương để hoạt động ổn định trên địa bàn): Cơ quan chủ trì tiến hành kiểm tra, giám sát, thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường được sử dụng 70 % tổng số tiền thu phạt vi phạm hành chính để chi cho công tác kiểm tra, giám sát, thanh tra, xử lý vi phạm hành chính, công khai thông tin về tình hình ô nhiễm và vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường. Số tiền còn lại nộp vào ngân sách địa phương. Đối với các địa phương đã thành lập Quỹ bảo vệ môi trường, trên cơ sở đề nghị của Quỹ về nhu cầu vốn hoạt động và khả năng cân đối của ngân sách địa phương, Sở Tài chính xem xét trình Uỷ ban nhân dân tỉnh cấp bổ sung vốn hoạt động cho Quỹ bảo vệ môi trường địa phương.

Phần kinh phí để lại cho các cơ quan, tổ chức chủ trì kiểm tra, giám sát, thanh tra và xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường được sử dụng như sau:

Dành 40- 60 % để chi cho các nội dung: Chi thông tin liên lạc, văn phòng phẩm và chi khác phục vụ công tác xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường, chi hỗ trợ cước điện thoại di động cho cá nhân đi công tác ngoài hiện trường (tối đa là 200.000 đ/người/tháng); Chi mua tin với mức chi mua tin của mỗi vụ việc không quá 10% số tiền phạt và tối đa không quá 5.000.000 đồng (việc thanh toán chi phí mua tin phải có đầy đủ chứng từ theo quy định; trường hợp yêu cầu phải giữ bí mật tên người cung cấp tin, việc thanh toán khoản chi mua tin căn cứ vào phiếu chi với đầy đủ chữ ký của người trực tiếp chi tiền cho người cấp tin, của thủ quỹ, kế toán và thủ trưởng đơn vị trực tiếp thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm. Thủ trưởng đơn vị trực tiếp xử lý vi phạm hành chính phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực trong việc thanh toán chi mua tin, đảm bảo chi đúng người, đúng việc); Chi sửa chữa trang thiết bị, phương tiện, xăng dầu; chi hỗ trợ thuê phương tiện, chi bổ sung hóa chất, nguyên vật liệu phục vụ công tác điều tra, thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường; Chi bồi dưỡng cho lực lượng trực tiếp tham gia cưỡng chế và những người được cấp có thẩm quyền điều động trực tiếp tham gia cưỡng chế những công trình, dự án vi phạm pháp luật về môi trường (mức chi bồi dưỡng bằng 10% mức lương tối thiểu do Nhà nước quy định cho mỗi ngày tham gia cưỡng chế); Chi bồi dưỡng cho lực lượng trực tiếp tham gia điều tra, kiểm tra, thanh tra và xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực bảo vệ môi trường (mức chi tối đa là 1.000.000 đồng/người/tháng); Chi hỗ trợ ban đầu cho cán bộ, thanh tra viên, chiến sỹ cảnh sát môi trường bị thương, tai nạn khi thực hiện nhiệm vụ bảo vệ môi trường; Chi phối hợp của cơ quan thanh tra, kiểm tra môi trường và cảnh sát môi trường với các lực lượng khác cùng tham gia vào công tác bảo vệ môi trường tại quận, huyện, thành phố, thị xã và xã, phường, thị trấn....

Số kinh phí còn lại được sử dụng để mua sắm trang thiết bị kỹ thuật, phương tiện phục vụ công tác kiểm tra, giám sát, thanh tra và xử lý vi phạm pháp luật trong lĩnh vực bảo vệ môi trường. Việc mua sắm trang thiết bị thực hiện theo định mức, tiêu chuẩn, chế độ hiện hành.