Theo Thông tư này, kinh phí thực hiện các nhiệm vụ xây dựng, áp dụng, duy trì, hoàn thiện và cải tiến hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 vào hoạt động của các cơ quan hành chính nhà nước được cân đối trong dự toán chi quản lý hành chính hàng năm, nguồn tài trợ, viện trợ và các nguồn thu hợp pháp khác (nếu có) của các bộ, ngành, địa phương. Các nội dung chi này thực hiện theo chế độ chi tiêu tài chính hiện hành (chế độ công tác phí, hội nghị phí, chi đào tạo bồi dưỡng, điều tra, khảo sát, xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, mua sắm hàng hoá, trang thiết bị…) và một số mức chi đặc thù được quy định tại Thông tư này. Cụ thể, mức chi cho hoạt động thuê tư vấn đối với các cơ quan hành chính không có mô hình khung cấp bộ, ngang bộ, cơ quan thuộc Chính phủ tối đa 80 triệu đồng/1 cơ quan và tối đa 60 triệu đồng/1 cơ quan đối với cơ quan cấp tổng cục, cục trực thuộc bộ và tương đương lần đầu xây dựng hệ thống quản lý chất lượng; trong trường hợp xây dựng mở rộng hệ thống quản lý chất lượng, đáp ứng yêu cầu Đề án 30 của Thủ tướng Chính phủ, mức chi tối đa 50 triệu đồng/1 cơ quan và 40 triệu đồng/1 cơ quan tương ứng với các cấp quản lý nhà nước nêu trên.

Đối với cơ quan hành chính có cán bộ đủ năng lực tự xây dựng hệ thống quản lý chất lượng mà không cần thuê tư vấn đối với một phần hoặc toàn bộ hoạt động tư vấn, thì thủ trưởng cơ quan hành chính sẽ ký hợp đồng với người thực hiện theo phương thức giao khoán, mức giao khoán tối đa không quá 85% mức thuê tư vấn theo quy định, theo khối lượng công việc được giao trong tổng thể hoạt động tư vấn. Trường hợp phải thuê chuyên gia theo tháng, thủ trưởng cơ quan hành chính nhà nước quyết định mức thuê chuyên gia trong khung mức chi từ 2.200.000 đồng đến 5.700.000 đồng/1 người/tháng, tuỳ theo trình độ của chuyên gia và nhiệm vụ tư vấn, với điều kiện chuyên gia đảm bảo thời gian làm việc liên tục trong tháng theo quy định.

Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký và thay thế Thông tư số 111/2006/TT-BTC ngày 06/12/2006 của Bộ Tài chính.